花茶在密封避光条件下通常可保存 12-24 个月，实际保质期受原料新鲜度、加工工艺、储存环境、包装方式和是否添加防腐剂等因素影响。
采用当季鲜花制作的花茶保质期较长，如玫瑰、菊花等新鲜原料制成的花茶，细胞结构完整，芳香物质保留充分，在干燥彻底的情况下可保存 2 年左右。而存放时间较长的干花原料制作的花茶，因氧化程度高，保质期可能缩短至 8 -12 个月。
传统晾晒工艺的花茶含水量较高，易受潮霉变，保质期约 6 -12 个月。现代低温烘干技术能更好保留有效成分，水分含量控制在 5% 以下的花茶，如冻干工艺制作的茉莉花茶，保质期可达 18 个月以上。
温度 20℃以下、湿度 45%-55% 的阴凉环境最适宜保存花茶。高温高湿环境会加速花青素分解和霉菌滋生，开封后未密封的花茶在夏季潮湿环境中可能 1 - 2 个月即变质。真空包装的花茶在恒温冷藏条件下可延长保质期 30%-50%。
铝箔复合袋充氮包装能隔绝氧气和光线，使金银花茶等易氧化品种保存 24 个月不褪色。普通塑料袋包装的花茶因透光透氧，保质期通常不超过 12 个月。玻璃罐装花茶需避光存放，否则紫外线会导致菊花茶等品种的光敏成分降解。
符合国家标准的食品级防腐剂可延长花茶保质期，如添加 0.1% 山梨酸钾的工艺花茶保质期可达 36 个月。但天然无添加的花茶更受健康饮食推崇，如有机认证的洋甘菊茶建议在 18 个月内饮用完毕。
建议将不同品种花茶分类存放：高芳香度的薰衣草茶、桂花茶等需双层密封；含精油的玫瑰花茶避免塑料容器吸附香味；色泽敏感的洛神花茶应避光保存。定期检查是否有受潮结块、变色或异味现象，开封后尽量在 3 个月内饮用完毕。搭配蜂蜜或柠檬饮用时，注意当天冲泡当天饮用，避免营养成分氧化流失。体质敏感者饮用陈年花茶前建议咨询医师，部分药材类花茶如金银花过期后可能产生致敏物质。