治疗方面，《五台县志》记载：“韩西亭先生采用明代万历年间京南大瘟验方治疗，用药六百余剂，经五十一天，将瘟疫扑灭，此后再未发生。”这里所说的万历大瘟验方，或许与明代龚云林有关。龚氏《万病回春》载：“万历丙戌春，余寓大梁，属瘟疫大作，士民多毙其症，闾巷相染，甚至灭门。其症头疼身痛、憎寒壮热、头面 颈项赤肿、咽喉肿痛、昏愦等症……余发一秘方，名二圣救苦丸，用牙皂以开关窍而发其表，大黄以泻诸火而通其里。一服即汗，一汗即愈，真仙方也。日夜塞户填门，应酬不暇，全活者不能胜数矣。”所说症状极似鼠疫，验方疗效足供后人借鉴。
最令人触目惊心，就是日军喜欢在医疗资源匮乏的农村地区投毒，目的就是测试细菌武器在无现代医疗条件下的杀伤力，但实质却令广大农民患上了疾病，甚至不少留下了后遗症。
在日军惨无人道的细菌战攻击下，抗战时候的中国，积贫积弱，中国战场上的医疗状况也是令人窒息。根据 1941 年“重庆国民政府卫生署报告，国统区每万人仅有 0.2 名医生”（中国第二历史档案馆编：《侵华日军细菌战档案汇编》），对抗细菌的抗生素、青霉素属于天价的奢侈品，疫苗更是普通民众闻所未闻。根据一名叫李祖蔚的常德细菌战幸存者回忆：“当时医院早被飞机炸平了，发高烧的人躺在路边，快死的人连买棺材的事间都没有。”
在日军惨无人道的细菌战肆虐下，中国百姓在疫苗缺位、药品断绝的困境中，中国千年传统的中医就成为普通百姓对付日军细菌战的盾牌。当时，拥有传统中医技术的中医生，也就是郎中挺身而出，用自己学到和祖传的中医中草药知识，主动为百姓熬一锅锅沸腾的草药汤，创造了民间防疫的奇迹。
民间郎中治疗日军细菌战引发的传染病，并不是盲目用药，乃是传承千年中医的“瘟疫”理论。
日军用得较多的细菌战武器是鼠疫菌和霍乱菌，不少历史上从来没有过鼠疫的地方在日军投弹后出现鼠疫疫情。由于不少地区缺乏西医，中医是医疗的主力，发生疫病时，中医战斗在第一线。应当说，应对细菌战疫情对中医来说是全新的课题，尤其是一些从来没有发生过疫情的地区。农村地区的中医有些未系统学习过疫病知识，认识不足，缺乏防护意识，牺牲于细菌战引起的疫病。如 1941 年，日本用飞机空投传染鼠疫杆菌的跳蚤，引起宁波、义乌一带鼠疫流行。
不过，民国时也有不少中医已经具备了诊治疫病的能力。江西广丰著名中医韩崧灵，出身中医世家，其父韩金章曾就读于上海中医专门学校，师从名医丁甘仁；韩崧灵长大后进入上海神州中医学校，师从名医谢观，毕业后在杭州开办了“国医韩崧灵诊所”。1937 年日军入侵杭州，韩崧灵回到广丰行医。1942 年 8 月，一度占据广丰的日军败退离开后，当地不久就出现大疫。韩崧灵记述：“一天东街田里（地名）有两病人来求医，当时病情并不重，但听他们家人说第二天都死了，我觉得很奇怪，没有见到过这样的急病，便抽空到他们家中做了详细了解，死者家属告诉我，病人死后腹股沟各有一个皂荚子大小的结核，颜色为紫色……根据以上病例，我分析是腺鼠疫。”在上海接受过中医学校式教育，具备一定现代医学知识的韩崧灵不仅准确作出判断，而且立即按防疫规定上报给当地县卫生院，江西省医院派人来检验后，确认病人属腺鼠疫病，立即开展防疫工作。他的及时诊断避免了疫情扩散。
在中医看来，鼠疫、霍乱属于烈性传染病，乃是属于“温病”的范畴，也就是由“热毒之邪”入侵人体造成的。因此，治疗鼠疫、霍乱等烈性传染病，需要以“清热解毒、扶正祛邪”。在这中医理论应用在抗战的民间疫情防疫，那是熬“大锅药”给患者。
在战争物资极容易匮乏的时期，中医药的作用就更显著了，因为中医药可以在任何情况下使用，而除了上述中医药运用外，其实在抗战期间还有两个闻名世界的中成药，它们几乎是抗日将士随身必备的药品，一个是云南白药，一个是片仔癀：
云南白药，抗战将士随身必备。自问世百年来，云南白药因对治疗跌打损伤、出血等功效神奇，素有“中华瑰宝，伤科圣药”之誉，云南白药救死扶伤的神奇功效，在抗日战争时期表现尤为突出。
1937 年 9 月 5 日，国民革命军陆军第六十军 4 万多名将士，开赴抗日前线。曲焕章为全体将士捐赠了 3 万瓶百宝丹，大大鼓舞了将士们的杀敌之心。
在著名的台儿庄战役中，60 军将士负伤不下火线，外敷内服白药后，不打绷带，不坐担架，继续上阵杀敌，一个月后，台儿庄大捷，中国军队取得抗战以来最大胜利。