鲜蘑菇保存不当易腐败变质，正确保存方法主要有冷藏保鲜、冷冻处理、干燥保存、真空包装、盐水浸泡五种方式。
新鲜蘑菇放入透气的食品袋中，袋内垫厨房纸吸收水分，置于冰箱冷藏室 4℃环境下。双孢菇等常见品种可保存 3 - 5 天，松茸等珍贵菌类建议 2 天内食用完毕。注意避免与气味强烈的食物混放，防止串味影响风味。
将蘑菇切片或整朵焯水 1 分钟后沥干，平铺在保鲜盒中冷冻。冷冻温度需低于 -18℃，可保存 1 - 2 个月。杏鲍菇等肉质较厚的品种适合此方法，解冻后建议用于炖煮或煎炒，不宜凉拌。
香菇等香气浓郁的品种可切片晒干或 50℃低温烘干至含水量 12% 以下。完全干燥的蘑菇需密封避光保存，常温下保质期达 6 -12 个月。食用前用温水泡发，泡发水可保留用作高汤。
采用真空机抽除包装袋内空气，配合冷藏可延长保鲜期至 7 -10 天。适合鸡枞菌等高档野生菌保存，注意包装前需彻底擦干表面水分，避免真空状态下滋生厌氧菌。
短期保存可用淡盐水浸泡法，浓度控制在 3% 左右，冷藏条件下可维持 2 - 3 天。此方法适用于平菇等易氧化变色的品种，取出后需用清水冲洗去除盐分。盐水能抑制部分微生物繁殖，但会损失部分水溶性营养素。
不同品种蘑菇的细胞结构和含水量差异显著，建议根据具体种类选择保存方式。草菇等极易腐坏品种建议购买后 24 小时内食用，牛肝菌等野生菌可先进行预煮处理再冷冻。保存过程中需定期检查是否有霉变或异味，出现异常应立即丢弃。日常存放时保持环境通风干燥，避免阳光直射导致维生素 D 前体物质流失。烹饪前用软毛刷清洁表面，尽量减少水洗次数以保留风味物质，菌褶部位需重点检查有无虫卵或杂质。
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