腐烂的水果食用后可能引发急性胃肠炎或食物中毒，主要危害包括霉菌毒素感染、细菌滋生、消化系统刺激、营养流失及过敏风险。腐烂部位产生的展青霉素、赭曲霉毒素等可能损伤肝脏；沙门氏菌或大肠杆菌污染易导致腹痛腹泻；果肉发酵产生的有机酸会刺激胃黏膜；维生素 C 和抗氧化物质大量流失；霉变水果还可能诱发过敏性皮炎。
水果腐烂后产生的展青霉素、赭曲霉毒素等霉菌代谢产物具有耐高温特性，普通清洗无法去除。这些毒素会破坏肠道上皮细胞，长期摄入可能增加肝癌风险。苹果、梨等核果类腐烂时产生的展青霉素浓度可达安全标准的 10 倍以上，即使切除霉变部分，周围果肉仍可能被菌丝渗透。
腐烂水果表面易滋生沙门氏菌、志贺氏菌等病原微生物。香蕉等热带水果腐烂时更易被大肠杆菌污染，食用后 2 - 6 小时内可能出现恶心呕吐症状。实验显示，草莓在 25℃环境下腐烂 24 小时后，其表面细菌数量可增长 3000 倍。
腐烂水果中的果胶在微生物作用下分解产生甲醇、甲酸等刺激性物质。西瓜等瓜类腐烂时产生的组胺类物质会直接刺激胃黏膜，轻者引发反酸烧心，重者可能导致胃黏膜充血。糖尿病患者食用腐烂水果更易诱发酮症酸中毒。
水果腐烂过程中维生素 C 损失率可达 90%，多酚类抗氧化物质减少 70% 以上。猕猴桃等浆果类腐烂时，其叶酸含量在 48 小时内下降 85%。同时糖分发酵产生的酒精会干扰 B 族维生素吸收，降低营养价值。
霉变水果产生的链格孢霉等孢子是强致敏原，儿童食用后可能出现荨麻疹或过敏性鼻炎。芒果等热带水果腐烂时，其果皮中的漆酚含量升高，接触后可能引发接触性皮炎，表现为皮肤红肿瘙痒。
建议选择表皮完整、无酒味的新鲜水果，储存时注意通风防潮。发现局部腐烂的水果应整颗丢弃，不可切除后食用。日常可多摄入蓝莓、树莓等富含单宁酸的水果，其天然抗菌成分能抑制霉菌生长。特殊人群如孕妇、免疫缺陷者应严格避免食用任何腐烂水果，出现腹痛腹泻症状需及时就医补液。养成购买小份量、分批食用的习惯，柑橘类水果可放置阴凉处保存，浆果类建议冷藏并在 3 天内食用完毕。