香菇保存方式取决于食用计划，短期冷藏保持鲜嫩，长期冷冻锁住营养。
新鲜香菇水分含量高，冷藏温度 2 -4℃可延缓腐败。未清洗的香菇直接放入保鲜袋，袋角剪小孔透气，避免冷凝水滋生霉菌。冷藏保存 3 - 5 天内口感最佳，适合即食或隔天烹饪。若表面出现黏滑需立即丢弃。
冷冻室 -18℃能保存香菇 1 - 2 个月。清洗后需彻底晾干或焯水处理，分装进密封袋排出空气。冷冻会导致细胞壁破裂，解冻后适合炖汤或炒制，不建议凉拌。速冻工艺处理的冻干香菇能保留更多氨基酸。
冷藏前用厨房纸包裹吸收多余水分，避免塑料袋直接接触菌褶。冷冻前可将香菇切片或切块，按每次用量分装。处理时保留菌柄基部 1 厘米，防止营养流失。真空包装能延长保存期 3 倍以上。
冰箱湿度 70% 左右最理想，可放置湿度调节盒。远离苹果等释放乙烯的水果，防止香菇早熟变质。冷冻保存时避免反复解冻，温度波动会加速维生素 B 族分解。商用冷库采用气调包装技术效果更佳。
冷藏香菇变软发黏、菌盖边缘发黑即已腐败。冷冻香菇出现冰晶刺穿、颜色褐变则营养受损。泡发干香菇时水面浮油或异味产生需停止食用。商业包装注意胀袋漏气现象。
日常保存可搭配胡萝卜素丰富的油脂类食物烹饪提升营养吸收，处理时使用陶瓷刀减少氧化。冷藏保存期间避免与其他菌类混放，定期检查冰箱温度。冷冻香菇解冻后建议快速烹饪，运动后补充菌菇多糖有助于体能恢复。干制香菇需阴凉通风存储，泡发水含鸟苷酸可作天然调味剂。
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