随着藏医药学的发展，藏医药教育事业经历了不同的历史阶段。在整个历史过程中，就教育的形式而言，经历了宫庭侍医、师徒传授和学校教育这三种形式。
古代吐蕃时期，是宫庭侍医阶段。当时人们主要依靠口耳相传的形式，来传授医学知识，藏王宫庭侍医掌握着医疗大权。开始时还没有文字，更没有医籍，所以只能用口耳传授。从阿里王朝到帕竹王朝这段时期，藏医药教育主要是以师徒相传的形式出现的。此时出现学派争鸣，围绕《四部医典》学习和注释发挥，代代相传，成为教育的主体，并逐渐普及到中下层。随后的嘎玛王朝，在日喀则开办了医学校，不久停办。甘丹王朝时，藏医学的蓬勃发展，又创办了医学校于哲蚌寺，藏医学堂于拉萨桑普尼玛唐，并恢复拉萨医学校。不久，桑吉嘉措又在药王山创办医药学校，并派名医到甘肃拉卜楞寺设医学堂 (曼巴札仓)。
十三世达赖时，设立了“曼孜康”，一直延续到西藏和平解放，并改造成藏医医院。
1959 年，药王山业已荒废，“曼孜康”转成医疗为主的单位，附带培养藏药人才。至 1980 年 9 月，曼孜康改名为西藏自治区藏医院，除担负全区的医疗任务以外，还为西藏藏医学院、藏医中专学校，以及代培兄弟省区、本自治区各地学员进修教学，并开设各种进修班、提高班，培养藏医各级人才。
1984 年，在党的十一届三中全会的正确方针的指引下，西藏自治区藏医学校开始招生。1989 年 9 月 3 日西藏藏医学院正式成立。到 1991 年巳毕业 163 名藏医人才，其中大学生 22 名，中专生 141 名。
除西藏外，青海与甘肃等藏族同胞聚居区的藏医教育事业也有很大发展，1958 年黄南藏族自治州设立了民族公学藏医班，有学员 40 多人。从 1975 年至 1979 年，每年黄南州都组织为期 1 一 3 个月的藏医学习班一次，1981 年 8 月 26 日青海省卫生厅正式批准在黄南州卫校开设藏医专业班。从此开始了全省第一所培养藏医中专生 324 人。青海海南藏族自治州也在 1986—1990 年间先后举办了三期藏医学习班。据 1988 年统计，青海省共举办各类藏医学习班 22 期，参加学习者达 480 人次。目前，青海省为解决高级藏医人员的培养及名老藏医后继乏人的问题，1987 年 3 月省政府同意成立青海省藏医学院筹建办公室，经过几年的筹建，已经正式招收学员。
甘肃省甘南藏族自治州的人口为 57 万人，其中藏族 26.8 万人，占全州人口的 47．02%，历史上有名的拉卜楞寺位于此州夏河县。1966 年以前，此州除有少数散在的藏医药人员外，绝大多数都集中在各寺院内。1979 年在甘南成立了甘南州卫生学校，并开设了藏医中专班，至 1990 年底共培养藏医士 152 名，现在校藏医士 80 名，1989 年州卫校和甘肃中医学院联合开设了藏医系大专班，招收了 28 名大专学生。
目前在四川阿坝、甘孜两个藏族自治州及云南迪庆藏族自治州藏医药事业也得到了一定的发展，那里藏医药人员的培养除师带徒外，多数在西藏藏医学院培养。
纵观历史与现状，藏医药教育主要包括三种不同的方式，即师传方式、寺院教育方式和学校教育方式。每一种教育方式在教学方法、教学内容等方面都有共同之处与不同之处。下面就从教学方法、教学内容等方面对三种教育形式进行介绍。特别是由于西藏社会宗教影响的特殊性，苜先就寺院的教育进行剖析。